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通常、１週間で治まります。
便検査の結果によっては、もう１回投与することもあります。
脱水を起こしている場合には、その治療も行います。
再感染を避けるため、飼育環境の消毒も欠かせません。

基本的なコクシジウム症の症状は無症状や軽度の下痢などで、命に関わる状態にはならないのですが、非衛生的な環境にいる子犬や病気などで免疫が働かなくなっている犬では重症化し、血便がみられ衰弱し死に至ることもあります。

人への感染はありませんが犬同士や猫同士では感染が認められるため、もし感染してしまった場合は再感染の可能性もあるため早期の治療と自宅での消毒作業が必要になります。
治療は主にコクシジウムに対する駆虫薬を用います。
また、コクシジウムは日常で使用している消毒薬などでは死滅せず、熱湯消毒がもっとも効果的と言われています。

コクシジウム症を治療せずに放置すると、栄養不足や脱水症状が起こる可能性があります。
場合によっては、迅速かつ効果的な治療が行われないと鳥の死亡につながる可能性があります。

コクシジウム症は、顕微鏡でないと見えない原虫という小さな寄生虫の感染によって起こります。
日和見感染症と呼ばれる疾病の中の一つで、健康な犬では感染しても多くの場合発症しませんが、犬がストレスなどで免疫力が低下してしまった場合などに発症し、症状を起こします。

原虫であるコクシジウムの経口感染が原因となります。

C. canisは、オーシストのサイズが32~42×27~33μmの大型種であり、C.ohioensisは、オーシストのサイズが19~27×18~23μmの中型種であるとされています。

感染した犬から便と共に排泄されたコクシジウムはまだ未成熟で感染力がありませんが、時間が経つと成熟して犬の口や鼻から感染します。

コクシジウム症が完治するまでの期間は、約1〜2週間です。
ただし、コクシジウムの中には駆虫薬が効きにくい個体もおり、約1ヶ月の治療期間が必要なケースもあります。

プロコックスRは、国内で唯一承認されている犬用のコクシジウム駆除剤です。
プロコックスRは、エモデプシドとトルトラズリルを有効成分とする配合剤で、内部寄生虫に対し広く効果を発揮します。
犬のコクシジウムに対し、単回投与で駆除が可能です。
コクシジウムの宿主細胞内寄生ステージ全般に駆虫効果を発揮します。

大抵の場合は、コクシジウムに汚染された環境がそのままになっていて、そこから再び感染してしまうことでなかなか治らないようにみえることが多いのですが、中には免疫力が弱いことで治りづらい場合もあります。
その際は、2〜3週間ほど治療が必要になることがあります。

コクシジウムは消毒液ではオーシストを完全に除去できないため、糞便をすぐに始末し床やケージなどを熱湯により消毒する必要があります。
タオルなど替えのあるものは処分してしまった方がよいでしょう。